Действие игры происходит в Либерти-Сити — вымышленном мегаполисе, который также является местом действия во многих других играх серии. В ранних анонсах игры сообщалось, что GTA Advance будет портом GTA III, однако в ходе разработки (точное время принятия решения неизвестно) эта идея была отклонена, возможно, из-за технических ограничений консоли и недостатка времени, необходимого для переноса игровых миссий в двухмерное окружение.

В результате игра была выпущена как предыстория GTA III, время действия — за год до событий третьей части. Так как сюжет разворачивается в Либерти-Сити, в GTA Advance игрок путешествует по знакомым местам, выполненным в типичном для серии урбанистическом стиле. Однако расположение разнообразных секретов игры таких, как «Вспышки ярости» (англ. «Rampages»), спрятанные пакеты и трамплины, было изменено, поэтому игрокам, знакомым с Либерти-Сити, будет необходимо исследовать мир игры заново. Три острова, на которых располагается город, претерпели некоторые изменения и все элементы, которые было невозможно реализовать в двухмерной игре, исключили, из-за чего в GTA Advance отсутствуют наклонные поверхности, туннели и метро.